研究人員整理出構(gòu)成植物病原體的"生命之樹"

一個開創(chuàng)性的植物病原體在線資源已經(jīng)被開發(fā)出來，旨在幫助全世界的研究人員識別、檢測和監(jiān)測嗜酸菌的種類。這些病原體引起了各種植物疾病，從19世紀(jì)40年代災(zāi)難性的愛爾蘭土豆饑荒到正在影響西海岸橡樹的橡樹猝死。

這個創(chuàng)新的病原體"生命之樹"提供了超過192個官方認(rèn)可的物種的廣泛信息，如它們的進(jìn)化史和群體內(nèi)的相互關(guān)系。此外，它還包括30多個非正式確認(rèn)的分類群。該工具納入了來自每個物種基因組內(nèi)多個位置的基因序列數(shù)據(jù)，以及每個物種的全球位置、它們的植物宿主以及病原體居住在宿主植物內(nèi)或宿主植物上的位置等關(guān)鍵細(xì)節(jié)。

北卡羅來納州立大學(xué)植物病理學(xué)William Neal Reynolds特聘教授Jean Ristaino說："我們正在利用我的同事Ignazio Carbone開發(fā)的基于樹的排列選擇器(T-BAS)工具包，將所有已知的植物病菌物種放入一個活的'生命之樹'中，研究人員可以將新出現(xiàn)的威脅物種放入開放的樹中，并查看哪些群體正在擴(kuò)大和演變"。他是PLOS ONE上描述該工具的論文的通訊作者。

這個新工具將使研究人員能夠?qū)崟r更新植物疾病信息。

Ristaino說："預(yù)防疾病爆發(fā)的真正關(guān)鍵是在疾病爆發(fā)之前抓住信號，T-BAS可以作為疾病監(jiān)測和弄清可能出現(xiàn)的下一個新品系的工具。研究人員可以查詢這個數(shù)據(jù)庫，該樹將納入新的物種"。他是北卡羅來納州新出現(xiàn)的植物疾病和全球食品安全集群的負(fù)責(zé)人。

Phytophthora屬的第一個物種，即"植物破壞者"，于1876年被描述和命名。噬菌體存在于空氣、土壤和水中，可以對糧食作物、觀賞植物和樹木造成疾病。

北卡羅來納州的博士生Allison Coomber說："自2000年以來，大約有150種新的嗜酸菌被鑒定出來，他和團(tuán)隊(duì)一起開發(fā)了這個工具。"

"這是一個異常龐大的植物病原體物種數(shù)量，"Ristaino說。"許多Phytophthora物種具有廣泛的宿主范圍，因此它們可以在更廣泛的地區(qū)'移動'。"

Ristaino于2001年在《自然》雜志上發(fā)表了一篇論文，確定了造成愛爾蘭馬鈴薯歉收的Phytophthora infestans菌株，他希望最終能將物理地圖與T-BAS數(shù)據(jù)結(jié)合起來，以幫助在各州或國家之間提供更好的病原體監(jiān)測。

Ristaino說："我們已經(jīng)挖掘了所有已發(fā)表的關(guān)于Phytophthora的數(shù)據(jù)。合作和分享數(shù)據(jù)比保密要有意義得多"。

Ristaino補(bǔ)充說，Phytophthora T-BAS工具被放置在DeCIFR網(wǎng)絡(luò)門戶中，可通過北卡羅來納州的綜合真菌研究中心獲得，該中心探索真菌及其在農(nóng)業(yè)、動物、環(huán)境和人類健康系統(tǒng)中發(fā)揮的作用。關(guān)于訪問該工具的進(jìn)一步信息可以在Ristaino實(shí)驗(yàn)室的網(wǎng)站上找到。