一個(gè)開(kāi)創(chuàng)性的植物病原體在線資源已經(jīng)被開(kāi)發(fā)出來(lái)，旨在幫助全世界的研究人員識(shí)別、檢測(cè)和監(jiān)測(cè)嗜酸菌的種類(lèi)。這些病原體引起了各種植物疾病，從19世紀(jì)40年代災(zāi)難性的愛(ài)爾蘭土豆饑荒到正在影響西海岸橡樹(shù)的橡樹(shù)猝死。
這個(gè)創(chuàng)新的病原體"生命之樹(shù)"提供了超過(guò)192個(gè)官方認(rèn)可的物種的廣泛信息，如它們的進(jìn)化史和群體內(nèi)的相互關(guān)系。此外，它還包括30多個(gè)非正式確認(rèn)的分類(lèi)群。該工具納入了來(lái)自每個(gè)物種基因組內(nèi)多個(gè)位置的基因序列數(shù)據(jù)，以及每個(gè)物種的全球位置、它們的植物宿主以及病原體居住在宿主植物內(nèi)或宿主植物上的位置等關(guān)鍵細(xì)節(jié)。
北卡羅來(lái)納州立大學(xué)植物病理學(xué)William Neal Reynolds特聘教授Jean Ristaino說(shuō)："我們正在利用我的同事Ignazio Carbone開(kāi)發(fā)的基于樹(shù)的排列選擇器(T-BAS)工具包，將所有已知的植物病菌物種放入一個(gè)活的'生命之樹(shù)'中，研究人員可以將新出現(xiàn)的威脅物種放入開(kāi)放的樹(shù)中，并查看哪些群體正在擴(kuò)大和演變"。他是PLOS ONE上描述該工具的論文的通訊作者。
這個(gè)新工具將使研究人員能夠?qū)崟r(shí)更新植物疾病信息。
Ristaino說(shuō)："預(yù)防疾病爆發(fā)的真正關(guān)鍵是在疾病爆發(fā)之前抓住信號(hào)，T-BAS可以作為疾病監(jiān)測(cè)和弄清可能出現(xiàn)的下一個(gè)新品系的工具。研究人員可以查詢(xún)這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，該樹(shù)將納入新的物種"。他是北卡羅來(lái)納州新出現(xiàn)的植物疾病和全球食品安全集群的負(fù)責(zé)人。
Phytophthora屬的第一個(gè)物種，即"植物破壞者"，于1876年被描述和命名。噬菌體存在于空氣、土壤和水中，可以對(duì)糧食作物、觀賞植物和樹(shù)木造成疾病。
北卡羅來(lái)納州的博士生Allison Coomber說(shuō)："自2000年以來(lái)，大約有150種新的嗜酸菌被鑒定出來(lái)，他和團(tuán)隊(duì)一起開(kāi)發(fā)了這個(gè)工具。"
"這是一個(gè)異常龐大的植物病原體物種數(shù)量，"Ristaino說(shuō)。"許多Phytophthora物種具有廣泛的宿主范圍，因此它們可以在更廣泛的地區(qū)'移動(dòng)'。"
Ristaino于2001年在《自然》雜志上發(fā)表了一篇論文，確定了造成愛(ài)爾蘭馬鈴薯歉收的Phytophthora infestans菌株，他希望最終能將物理地圖與T-BAS數(shù)據(jù)結(jié)合起來(lái)，以幫助在各州或國(guó)家之間提供更好的病原體監(jiān)測(cè)。
Ristaino說(shuō)："我們已經(jīng)挖掘了所有已發(fā)表的關(guān)于Phytophthora的數(shù)據(jù)。合作和分享數(shù)據(jù)比保密要有意義得多"。
Ristaino補(bǔ)充說(shuō)，Phytophthora T-BAS工具被放置在DeCIFR網(wǎng)絡(luò)門(mén)戶中，可通過(guò)北卡羅來(lái)納州的綜合真菌研究中心獲得，該中心探索真菌及其在農(nóng)業(yè)、動(dòng)物、環(huán)境和人類(lèi)健康系統(tǒng)中發(fā)揮的作用。關(guān)于訪問(wèn)該工具的進(jìn)一步信息可以在Ristaino實(shí)驗(yàn)室的網(wǎng)站上找到。
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